| 名称 | 作成機関 | 種別 | 対象 |
| GenBank | National Center for Biotechnology Information (NCBI) | 配列 | 核酸 |
| EMBL | European Bioinformatics Institute (EBI) | 配列 | 核酸 |
| DDBJ | 国立遺伝学研究所 | 配列 | 核酸 |
| GSDB | National Center for Genome Research | 配列 | 核酸 |
| dbEST | NCBI | 配列・発現 | 核酸 |
| BodyMap | 大阪大学細胞生体工学センター | 発現 | 遺伝子発現 |
| PIR | National Biomedical Research Foundation | 配列 | タンパク質 |
| SWISS-PROT | Centre Medical Universitaire (Geneva) / EBI | 配列 | タンパク質 |
| PRF | 蛋白質研究奨励会 | 配列・文献 | タンパク質 |
| PDB | Blookhaven National Laboratory | 立体構造 | タンパク質等 |
| Medline | National Library of Medicine | 文献 | 文献 |
| NCBI Taxonomy | NCBI | 基礎情報 | 系統分類 |
| CUTG | 国立遺伝学研究所 | 基礎情報 | コドン頻度 |
| AAindex | 京都大学化学研究所 | 基礎情報 | アミノ酸指標 |
| DBCAT | INFOBIOGEN | メタ情報 | データベース |
| BioCatalog | EBI | メタ情報 | ソフトウェア |
| CarbBank | Complex Carbohydrate Research Center (Georgia) | 生体物質 | 糖質 |
| TDB | The Institute for Genomic Research | ゲノム配列 | 各種バクテリア |
| ECGC | University of Wisconsin | ゲノム配列 | 大腸菌 |
| E. coli Databank | 奈良科学技術先端大学院大学 | ゲノム配列 | 大腸菌 |
| SubtiList | Institut Pasteur | ゲノム配列 | 枯草菌 |
| BSORF | 東京大学医科学研究所 他 | ゲノム配列 | 枯草菌 |
| Cyanobase | かずさＤＮＡ研究所 | ゲノム配列 | ラン藻 |
| MIPS Yeast Genome | Munich Information Centre for Protein Sequences | ゲノム配列 | 出芽酵母 |
| YPD | Proteome, Inc. | ゲノム配列 | 出芽酵母 |
| GDB | Johns Hopkins University | ゲノムマップ | ヒト |
| MGD | The Jackson Laboratory | ゲノムマップ | マウス |
| AceDB | MRC, Sanger Center 他 | ゲノムマップ | 線虫 |
| FlyBase | FlyBase Consortium | ゲノムマップ | ショウジョウバエ |
| AtDB | Stanford University | ゲノムマップ | シロイヌナズナ |
| SWISS-2DPAGE | Centre Medical Universitaire (Geneva) | プロテオム2Ｄ | (全般) |
| ECO2DBASE | University of Michigan | プロテオム2Ｄ | 大腸菌 |
| Sub2D | Ernst Moritz Arndt University Greifswald | プロテオム2Ｄ | 枯草菌 |
| YEAST 2D-PAGE | University of Goeborg | プロテオム2Ｄ | 出芽酵母 |
| GenProtEC | Marine Biological Laboratory | 分類 | 大腸菌ゲノム |
| PROSITE | Centre Medical Universitaire (Geneva) | 分類 | モチーフ |
| BLOCKS | Fred Hutchinson Cancer Research Center | 分類 | モチーフ |
| PRINTS | University College London | 分類 | モチーフ |
| ProDom | Institut National de la Recherche Agronomique (Toulouse) | 分類 | ドメイン |
| SBASE | International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology | 分類 | ドメイン |
| SCOP | MRC Laboratory of Molecular Biology and Center for Protein Engineering | 分類 | フォールド |
| CATH | University College London | 分類 | フォールド |
| OMIM | Johns Hopkins University / NCBI | 機能発現 | ヒト遺伝病 |
| PMD | 国立遺伝学研究所 | 機能発現 | タンパク質変異 |
| ENZYME | Centre Medical Universitaire (Geneva) | 機能因子 | 酵素 |
| EPD | Swiss Institute for Experimental Cancer Research | 機能因子 | プロモーター |
| TRANSFAC | Gesellschaft fur Biotechnologische Foschung mbH | 機能因子相互作用 | 転写制御因子 |
| TFD | Institute for Transcriptional Informatics | 機能因子相互作用 | 転写制御因子 |
| LIGAND | 京都大学化学研究所 | 機能因子相互作用 | 酵素反応 |
| PUMA | Algonn National Laboratory | パスウェイ | 代謝系 |
| EcoCyc | SRI International | パスウェイ | 代謝系 |
| SPAD | 九州大学農学研究所 | パスウェイ | シグナル伝達 |
| BRITE | 京都大学化学研究所 | パスウェイ | 細胞周期 |
| KEGG | 京都大学化学研究所 | パスウェイ統合 | 物質・遺伝子・パスウェイ |
Saccharomyces Genome Database